Atsiradus prievolei vykdyti atliekų susidarymo apskaitą GPAIS, t.y. jei įmonė atitinka bent vieną iš 4.1 atsakyme nurodytų kriterijų, atliekų darytojas taip pat privalo pateikti duomenis GPAIS ir apie susidariusias mišrias komunalines atliekas (MKA) (atliekos kodas 20 03 01), vadovaujantis Atliekų susidarymo ir tvarkymo apskaitos ir ataskaitų teikimo taisyklių, patvirtintų Aplinkos ministro 2011 m. gegužės 3 d. įsakymu Nr. D1-367, 9 ir 16 punktais. Duomenis apie MKA perdavimą atliekų tvarkytojui GPAIS reikia nurodyti atliekų susidarymo apskaitos žurnalo kortelėje „Komunalinių atliekų perdavimas netiesiogiai“.
Kartais atliekų darytojams kyla problemų dėl MKA, surenkamų netiesiogiai, kiekio nustatymo.
Jeigu atliekų tvarkytojas sąskaitose nurodo surinktą MKA kiekį tonomis, tuomet problemų nekyla.
Jeigu sąskaitose kiekio tonomis nėra, bet yra nurodyti kubiniai metrai, juos galima pasiversti į tonas pritaikius koeficientą 0,16 (t. y. 1 m3 atitinka 160 kg).
Jeigu susidariusių MKA kiekių nėra žinoma nei iš sąskaitos,nei iš kitų dokumentų,tuomet šį kiekį galima apytiksliai įvertinti atliekant skaičiavimus pagal įmonės naudojamo konteinerio talpą, kas kiek laiko jį ištuština, ar jis būna pilnas, kuomet atliekos yra išvežamos, arba įvertinant, kiek ir kokių maišų išmetama į konteinerį per savaitę/mėnesį. Naudojamas tas pats 0,16 koeficientas verčiant iš kubinių metrų į tonas. Pavyzdžiui, 35 l (0,035 m3) atliekų maiše telpa 0,035 * 0,16 = 0,0056 tonos MKA.
Kuomet MKA yra surenkamos netiesiogiai, suprantama, kad įvertintas MKA kiekis nebus tikslus, tačiau jis yra reikalingas dėl bendros atliekų apskaitos vykdymo tvarkos.