Atliekų susidarymo apskaitą GPAIS privaloma vykdyti visais atvejais, kuomet įmonės veiklos metu susidaro pavojingųjų atliekų (išskyrus tuos atvejus, kai įmonės veikloje susidaro tik pavojingosios komunalinės atliekos, pavyzdžiui: kompiuteriai, monitoriai, spausdintuvų kasetės, elektriniai virduliai, šviestuvai ir pan.), nepriklausomai nuo susidariusio pavojingųjų atliekų kiekio. Šis „nulinis“ minimalaus susidariusių pavojingųjų atliekų kiekio slenkstis taikomas nuo 2017-01-01, pakeitus nacionalines atliekų apskaitos taisykles po pakartotinių EK nurodymų Lietuvai tinkamai perkelti ES teisės aktų reikalavimus.